关于Reaxys怎么检索化合物，还有怎么按结构相似度去筛选，在化学检索、药物分子调研和合成路线查询这些工作里，都是很基础的问题，经常会被碰到。Reaxys的功能不只是查一个化合物的名称，它还可以按照结构、分子式、CAS号、反应、性质，还有文献线索，继续往下去找。实际用起来的时候，很多人会卡住的地方，并不是找不到进去的入口，而是检索条件被放得太宽了，结果出来一大堆；或者结构被画得太死了，反而把一些有参考价值的类似物给排除了出去。

　　一、Reaxys怎么检索化合物

　　在Reaxys里检索一个化合物，通常能从名称、编号、分子式和结构式这几个方向进去。如果只是简简单单查一个已知的物质，用名称或者CAS号就会比较快，要是目的变成了找结构相近的一类分子，那结构检索就会更合适。一开始就把所有的条件都往上加，这种做法并不太好，因为条件一多，结果反而容易被压得看不见了。

　　1、先确认责任人和完成节点

　　如果已经知道了化合物的名称、CAS号或者分子式，可以先在检索框里面把关键词给输进去，Reaxys是支持用快速搜索或者查询构建器去检索物质和反应的，这么做比较适合快速地把已知化合物给定位出来。实际在用名称进行检索的时候，需要注意同义名的问题，因为一个化合物有可能会有系统命名、商品名、缩写名，还有文献里常用的那些别名。CAS号通常来说会更直接一些，不过也要确认好，输入进去的是目标物质本身，而不是它的盐型、水合物、混合物或者中间体的编号。

　　2、用结构式检索

　　在“创建结构或反应绘图”那个功能里把结构画出来，然后再按照这个物质的结构去发起检索。结构检索这种方式，比较适合不确定名称的时候用，也适合想从骨架开始去查某一类化合物的情形。画结构的时候，不用一开始就去追求画得特别复杂，先把核心的骨架画清楚，然后再一步一步地把取代基、官能团和电荷的信息给加上去。结构画得越具体，能检索到的结果就越少；结构画得越开放，结果就越多，具体要画到什么程度，实际上是要看检索的目的。

　　3、检查化合物详情

　　在找到目标化合物以后，不要只在结果列表里面看一个名称，还要点进它的详情页去，看一看结构、分子式、分子量、物性数据、反应记录，还有文献和专利的来源。Reaxys本身覆盖了化合物、反应、性质和文献这些信息，它很适合把一个分子从“查到”这一步，继续往下延伸到“能判断它到底有没有用”这一步。

　　二、Reaxys化合物结构相似度怎么筛选

　　结构相似度的筛选，适合用来找那些“长得像、性质可能也比较接近”的化合物，它和精确结构检索不一样，并不要求结果和输入的结构完全一致，而是按照结构相似的程度，把候选物给返回来。在先导化合物扩展、同系物查找、初步避开专利的筛选，以及类似物调研里面，这个功能用得比较多。

　　1、选择相似性检索

　　绘制或者导入目标结构之后，去选择相似性搜索这一类的检索方式，然后再去运行结构相似度的搜索。相似性检索的作用，就是要找到和起始结构比较接近，但不一定完全满足原来那些结构条件的物质，Reaxys的相似性搜索，可以用来寻找跟查询结构相似的物质或者反应。要是只打算找完全相同的结构，那就不要用相似性检索了；如果是想找类似物，相似性检索就会更加合适一些。

　　2、调整相似度阈值

　　相似度的阈值，不要在一开始就把它设得太高了，因为阈值要是设得太高，出来的结果就会变得很少，可能就只剩下几个近似的结构；要是阈值设得太低，结果的数量倒是会变多，但是相关性又会往下掉。比较常见的做法，是先用一个中等程度的阈值去跑一遍，看看跑出来的结果质量怎么样，然后再根据看到的数量，还有结构上的差异，继续去把条件收紧，或者是再放宽一些。

　　3、结合结构特征筛选

　　进行相似度比较只是第一步，在这之后，还要去关注核心的骨架、关键的作用基团、取代基在什么位置上、是不是盐的形式、立体化学的情况，还有分子的大小。有的化合物，相似度的分数看着并不低，但是关键的那个起效基团已经变了；也有的化合物，分数并不是最高的，却把研究需要的那个核心结构给保留了下来。在筛选的时候，不能只按照相似度的数字大小去排序，还要靠人工去判断一下，这个结构是不是真的有参考价值。

　　三、检索结果太多或太少的时候怎么调整

　　用Reaxys进行检索，最常碰到的麻烦，就是结果的数量不合适，太多了就会看不过来，太少了又会让人怀疑是不是条件给设错了。碰到这种情况，不用老是重新开始，可以围绕结构、字段和筛选条件，慢慢地去调整。

　　1、如果结果是太多了

　　那就把条件收紧一些。可以去增加分子式、分子量的范围、元素组成、物性数据、文献的年份、反应的角色这些条件；在做结构检索的时候，也可以把核心的官能团画得更明确一点，限制住某几个取代的位置，或者把那些明显不需要的结构类型给排除掉。不过收紧条件的时候，可不要一次就加得太多，要不然很容易让结果从几千条一下子变成零条。

　　2、如果结果是太少了

　　那就先把条件放宽，先检查一下结构是不是有画错的地方，比如电荷、芳香性、键型、立体标记、盐型这些地方，是不是定得过于严格了；也可以把那些不是关键的取代基给去掉一部分，只把核心的骨架留下来，然后再用相似度检索去把范围给扩大。很多时候，并不是数据库里面没有结果，而是输进去的结构被限制得太死了。

　　3、结果的数量如果比较大

　　可以按照性质、文献、反应路线、供应信息或者结构族，去分组进行查看。在研发前期做调研的时候，不一定非要马上找出一个唯一的答案，先把一批候选的结构整理出来，然后再一步一步地去看它们的活性、合成的可行性、专利和物性数据，这样做的效率会更高一些。

　　总结

　　总结起来，关于Reaxys怎么检索化合物，还有怎么去筛选结构相似度，最关键的一点，是先要分清楚检索的目的到底是什么。对于已知的化合物，用名称、CAS号或者分子式去快速定位，是比较合适的；要是不确定名称，或者是想找类似的物质，那就更适合用结构检索和相似度筛选的办法。在筛选相似结构的时候，不能只盯着相似度分数的高和低，还要结合核心的骨架、官能团、取代的位置和研究的目标，放在一起进行判断。检索结果要是太多了，就一步一步地把条件收紧；结果太少了，就先检查结构方面的限制，再适当地把范围放宽，这样一路做下来，才更容易找到真正有价值的化合物信息。